южетная линия начинается при первом посещении главным героем Порт Рояла.

Генерируемые квесты, а также генерируемые мини-квесты, возможности, события:

Сопровождение судна.
Где взять: У любого хозяина таверны

Что для этого необходимо: Не враждебные отношения с нацией колонии, в которой берём задание.

Помощь коменданту тюрьмы.
Где взять: У любого коменданта тюрьмы.

Что для этого необходимо: Ничего.

Помощь церкви. Поиск пожертвований.
Где взять: У любого священника.

Что для этого необходимо:
Ничего.

Помощь церкви. Уничтожение странных существ.
Где взять: У любого священника, кроме колоний на Испаньоле и Марии Галанте.

Что для этого необходимо:
Ничего.

Золотой караван.
Где взять: У пьяниц в таверне возможно получить информацию о золотом караване, перевозящем большой груз золота.

Вымогательство.
Где взять: У пьяниц в таверне можно узнать, что один из жителей богат. Идём к нему, и вымогаем :).

Прибытие важной личности.
Где взять: В зависимости от вашей удачи, на вопрос, "Не знаешь ли ты чего интересного?", хозяин таверны может вам рассказать о прибытии важной личности. Цель: Захватить важную личность и получить большой выкуп.

Торговый караван.
Где взять: В зависимости от вашей удачи, на вопрос, "Не знаешь ли ты чего интересного?", хозяин таверны может вам рассказать о том, что в n-ный город корабль, под n-ным названием везёт такой то груз в сопровождении кого либо.

Поиски сокровищ.
Где взять: В зависимости от вашей удачи, в тавернах и домах вы можете встретить продавцов картами сокровищ. Ценность клада зависит также от вашей удачи.

Плюс ко всему этому, в море на вас может напасть известнейший пират, а также в игре оставлены генерируемые квесты оригинальных "Корсаров 3".

Негенерируемые:

Вымогатели.
Где взять: У ростовщика в Св.Мартине.

Что для этого необходимо: Не ниже 7-го ранга.

Помощь испанскому капитану.
Где взять: У испанского офицера, который сидит в таверне Сан-Хуан. Что для этого необходимо:
Не ниже 10 ранга. Не враждебные отношения с Испанией.

Помощь старому моряку.
Где взять: Берётся у человека, сидящего в таверне Исла Моны.

Что для этого необходимо:
Ничего. Но на первых порах не рекомендуется проходить.

Вторая часть этого квеста берётся в локации "Странный Дом", что в джунглях. На каком острове, ищем сами.

Странное поведение пиратов (Неуловимая Эскадра).
Где взять: У главы пиратов на Исла Моне.
Что для этого необходимо: 15 ранг.

Алисия.
Где взять: У женщины, стоящей у церкви в Кюрасао.
Что для этого необходимо: 5 ранг.

Помощь главе контрабандистов (Он же линейка за контрабандистов).
В линейке 3 задания.
Где взять: У главы контрабандистов, что сидит в таверне Исла Моны.
Что для этого необходимо: Не ниже 15 ранга.

Магический золотой череп.
Где взять: Активируется автоматически при получении главным героем одноимённого предмета.

Фрегат "Флора".
Где взять: У тавернщика в Порт Рояле.
Что необходимо: 3 ранг.

Корабль обезьян.
Где взять: У человека, стоящего у Церкви Порт Рояла.
Что необходимо: 10 ранг.

В поисках Эльдорадо. (Похищение Диего де Ля Энкантарио)
Где взять: Получается во время прохождения квеста Неуловимая Эскадра (Странное поведение пиратов).

Совет: Чаще читайте описания квестовых предметов и записи в судовом журнале, а главное - сохраняйтесь!